Bykyrkan även kallad Storkyrkan, var helgad åt S:t Nicolaus av Myra, sjöfartens skyddshelgon och uppfördes i Gamla stan under 1200-talets första hälft. På 1300-talet byggdes den ut så att den blev femskeppig och fick ett avskilt kor. De yttre sidoskeppen upptogs av kapell, varav sju var namngivna: Petri och Pauli kapell, ett på den södra och ett på den norra sidan, S:t Antonii kapell, S:t Erasmi kapell, Vår Frus kapell, S:ta Maria kapell och Själakapellet. Dessutom fanns en serie altare ägnade åt olika helgon. B hade två torn med höga spiror och var 75 meter lång och 38 meter bred. Kyrkans vind uthyrdes för diverse profana ändamål bl a för förvaring av segel till skeppen i hamnen. Kyrkan var uppförd i tegel på en gråstensgrund. B var lika stor som Storkyrkan i Stockholm och därmed en av Sveriges största. Helgedomens förnämsta evenemang torde ha varit kröningen 1397, då Erik av Pommern kröntes till kung över Sverige, Norge och Danmark i anslutning till att Kalmarunionen kom till stånd. Under slutet av 1500- och början av 1600-talet drabbades staden av krig. När danskarna anföll 1611 förstördes B och endast yttermurarna stod kvar. Kyrkan renoverades senare och var klar för att inredas men skadades vid stadsbranden 1647. B renoverades ytterligare en gång och ett klocktorn av trä byggdes över huvudvalvet och försågs med en altan där stadsmusikanterna dagligen utförde musik. Slutligen sprängdes B av militära skäl 1678 för att den inte skulle kunna utgöra skydd för presumtiva anfallare i framtiden. Innan kyrkan förstördes flyttades predikstolen till Domkyrkan. ›Domkyrkan på Kvarnholmen var vid denna tid i det närmast klar att ta i bruk. 

SHm

Bykyrkans plan i svart jämförd med Domkyrkans i rött. Kalmar läns museum

Så här kan Bykyrkan ha sett ut